严格的来说，你的问题有点小瑕疵，因为淘宝上是没有旗舰店这个提法的，早在好多年前，淘宝就禁止取店名叫“旗舰店”了，旗舰店是天猫店铺的叫法。
如果你看到淘宝旗舰店，那可能是较早的时候取的店名，后来淘宝也没要求更改过来，旗舰店的要求必须是有统一的品牌的。就是说本店铺只能卖这一品牌的商品。其他品牌的商品是不允许售卖的。
天猫旗舰店就是这样的要求。天猫旗舰店一般都是品牌方自营的店铺，里面销售的都是品牌方的唯一品牌商品，所以他肯定是正品。当然还有一些专营店和专卖店，这些店铺也是经过品牌授权的正品商品。一般天猫上很少有假货，这就是天猫跟淘宝店铺的区别。
在品牌这方面，淘宝明显要求不高，因为淘宝基本是个人店铺，所以对品牌的要求是么有的，有的话也是一些可能没经过商标注册自行取的品牌，比如随便写几个字母，接汉字就是一个品牌了，但是这些“品牌”是得不到国家版权机构承认的，即使被别人冒用，也没办法去投诉。